Полезные статьи: Если требуется отформатировать первый раздел диска, не потеряв возможность загрузки Windows 2000, установленной на другом разделе, то поступить следует так. Перед форматированием сохраните файлы из корневого каталога первого раздела, нужные для загрузки Windows 2000:

ntldr — загрузчик;
boot.ini — конфигурационный файл загрузчика;
ntdetect.com — собирает информацию об устройствах;
ntbootdd.sys — нужен только при наличии SCSI;
bootfont.bin — шрифт, нужен только для локализованной версии;
bootsect.dos — файл с загрузочным сектором альтернативной ОС.

После форматирования раздела скопируйте все эти файлы обратно, загрузитесь в Recovery Console Windows 2000 и восстановите загрузочный сектор Windows 2000 командой fixboot.